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2008/9/25

「您所不知道的Ovid Medline」系列之MeSH比對

Ovid Medline最大的特色,除了使用Ovid最新檢索引擎OvidSP外,就是提供Thesaurus(索引典)的功能,主動協助使用者進行醫學標題詞(MeSH)的比對,也就是所謂的控制詞彙功能,讓使用者輕輕鬆鬆精確檢索到所需文獻資料。


這樣的關鍵性的控制詞彙檢索功能絕對是各家出版商建置自有平台的Medline時必然要融入的功能;只是,您可能不知道各家平台所建置的Thesaurus功能卻不盡相同!


MeSH測試比較一:粒線體夏娃

舉個最近圖書館好友提的一個主題為例,她說她想查詢探討「粒線體夏娃(Mitochondrial Eve)」的文獻,但進入不同的Medline平台去查詢,每個平台列出的參考醫學標題詞都不同,究竟哪個平台比對出來的比較精準呢?

在做任何評斷之前,我們先來瞭解一下什麼是粒線體夏娃。

Mitochondrial Eve叫做粒線體夏娃,或者稱為母系粒線體遺傳,或者稱為夏娃學說,是科學家追溯現代人起源地的一種方法(白話來說,就是追蹤祖宗十八代的來源)。粒線體是細胞內的發電廠,細胞除了有自己的DNA,科學家發現細胞內的粒線體自己也還有一段DNA,而這一段DNA就學者研究是由母系遺傳帶來。所以 Mitochondrial Eve的理論在研究上,學者可以藉由比對粒線體中的DNA排序的類型和方式,找出A和B是否有共同祖先以及彼此的演化關係。譬如想知道原住民和菲律賓某小島上的原住民是否有相同血緣,就可借由粒線體的DNA比對來探討彼此的血源關係有多深,甚至今天之所以演化分支為不同民族的話,其中的DNA突變又可能為何等等相關研究。

(詳細介紹可參考下面Wikipedia介紹 :http://en.wikipedia.org/wiki/African_Eve)

所以簡單來說粒線體夏娃探討的就是關於染色體與遺傳演化。 接著我們將Mitochondrial Eve輸入Ovid Medline與PubMed中查詢,所得到結果分述如下:

一、Ovid Medline:
由於粒線體夏娃並非標準醫學標題詞,所以Ovid系統會自動列出所有與染色體、進化、基因、物種發展等相關的醫學標題詞供讀者參考選擇。

二、PubMed MeSH Database:
同樣地,由於粒線體夏娃並非標準醫學標題詞,所以系統直接告訴使用者,資料庫沒有找到任何結果。雖然PubMed還是提出了建議的醫學標題詞,但列出的標題詞都只是詞彙中有包含到 Mitochondrial 或 Eve的標題詞,甚至列出了許多與DNA演化無關的醫學標題詞。

為什麼同樣為醫學標題詞比對,兩者結果卻不一樣呢?其實最大的差異點就在於系統究竟是如何處理我們所輸入的詞。

OvidSP 背後端建置有一套非常強大的專業詞庫,系統會將我們所輸入的詞彙導入字詞庫中分析字意,同時系統還會找出在資料庫中有包含這個主題的文獻,並且去統計這些文獻中最多相關的MeSH主題是哪一些個。因此,可以看到Ovid第一個找出的是演化(Evolution),第二個是DNA, Mitochondrial,依序分別是遺傳醫學、種系發展(Phylogeny)、突變(Mutation)、血統(Pedigree)、分子層面的演化、遺傳異質性(Genetic Heterogeneity,不同的致病基因引起相同的遺傳病特徵的情形)、基因重組(Recombination, Genetic)和基因型(Haplotypes)等與Mitochondrial Eve相關的醫學標題詞,所以讀者可以藉由系統的提示選擇最適合的查詢主題。

反觀PubMed處理使用的輸入的詞彙,僅進行單純的字碼比對,並非落實控制詞彙查找,也就是如果標題詞中查不到跟使用者輸入的詞彙相同者,PubMed系統就會將使用者輸入的字詞一個個分開去比對醫學標題詞中,有哪些標題詞有包含到使用者輸入的單字,然後一一列出做為檢索的建議。

 

MeSH測試比較二:注意力不足過動症
我們再試試查詢其他比較熱門的用詞好了,心理學經常探討的ADHD(Attention Deficit Hyperactivity Disorder;注意力不足過動症),很有趣的結果產生了:

在PubMed MeSH Database中,比對到的ADHD是一個藥物相關的醫學標題詞:

而Ovid Medline則確實列出了ADHD的醫學標題詞Attention Deficit Disorder with Hyperactivity:

面對上述兩個非常熱門的Medline資料庫出現這樣迥異的結果情況,我們不免思索的是市面上號稱免費的 Medline資料庫,又會有什麼樣的比對呈現呢?是否也能比對到使用者真正要查詢的醫學標題詞呢?還是查不到任何有關標題詞?查到一堆無關的標題詞呢?充滿好奇心的您,不妨試試馬上看目前圖書館所使用的各家Medline吧!

2008/5/29

衝!衝!衝!Inspec和您一起衝刺「最後一哩」!

3G手機已經不夠瞧囉!如果有注意電信產業新聞的人,可能早就發現「WiMAX」已沸沸揚揚地緊接在3G之後,在通訊市場引發另一波「遠距無線寬頻傳輸技術」的討論?到底什麼是「WiMAX」?這個新名詞會對我們未來的生活型態有何影響?

WiMAX (Worldwide Interoperability for Microwave Access) 一般中譯為「全球互通微波存取」,是一種新興無線寬頻傳輸技術,可解決最後一哩(Last mile)的問題,因為其寬頻的特性,被稱為第四代無線通訊 (4G)。我們已經了解的3G就是除了語音之外,可藉由額外的頻寬傳送資料、分享圖片和接收電子郵件。但是,目前3G被使用者所詬病的是價錢高、速度慢,而且Wi-Fi的涵蓋範圍小,在漫遊時易中斷。ADSL或者是Cable也許頻寬高,但是只要一離開申請地點即無法使用,同時部份民眾因硬體基礎建設不足(Last mile),所在地離機房太遠的偏遠地區,而無法使用寬頻網路。

以上種種問題,在WiMAX上似乎都能得到完滿的解答。根據一些研究顯示,WiMAX 比起目前的3G在建設成本上相對的更為低廉,因此普遍的認為可以滿足使用者的頻寬需求,實際的傳輸費率則更容易為市場所接受。而且 WiMAX 不必拉線,在某種程度上還能替代有線網路(Cable、ADSL),讓偏遠地區的網路連接更為容易。

對於這個上看千億的無線通訊市場,走在世界通訊尖端的台灣學術研究團隊絕對不可缺席。「IET Inspec」,歐洲最大工程相關專業組織所出版的世界知名理工文獻搜尋入口,目前提供研究者關於WiMAX和4G的新研究文獻多達2600多筆,而且已經更新已至2008年4月出版的會議論文和期刊資料。所有資料經過專家的加值與分析,研究者可以輕鬆地找到研究專題的著重層面,如最新資訊、應用性質、技術預測、產品發展、競爭情報、經濟面、實驗面、或理論探討等等。

同時,透過Inspec裡來自全世界80多個國家的出版品,可以迅速掌握各國發展WiMAX的最新狀況的。使用者不僅可以看到通訊發展相當先進的歐美各國的研究,亞洲地區如大中華地區、日韓等國的研究報告同樣羅列其中。另外,Inspec資料更包含百萬筆含DOI的文獻紀錄,使查詢文章能夠直接鍵結至全文資料。

無線通訊技術正在改變人們的溝通、生活及工作模式,當前WiMAX正引領風騷,但下一代技術的新發展可能馬上又在現有的技術上蘊育而生。研究工作者永遠都是站在前一個巨人的肩膀上看世界,Inspec便是完整收集這些鉅作以提供下一代巨人成長養分的供應者。

2008年IET開始提供Inspec Direct新平台為客戶服務,圖書館也可以透過CONCERT聯盟訂購Inspec!竭誠地歡迎申請試用。有任何產品訊息需求,歡迎洽詢飛資得資訊。

2007/10/2

Ovid 資料庫清單 ( A - C )

Ovid 提供近200種各種領域的資料庫,讓讀者在可以搜尋各種專業領域的資料庫,以下提供的是Ovid 所收錄的從 A 到 C 的資料庫名稱。(更新日期:2007/10/22)

Ovid 資料庫清單 ( D - I )

Ovid 提供近200種各種領域的資料庫,讓讀者在可以搜尋各種專業領域的資料庫,以下提供的是Ovid 所收錄的從 D 到 I 的資料庫名稱。(更新日期:2007/10/22)

Ovid 資料庫清單 ( J - Z )

Ovid 提供近200種各種領域的資料庫,讓讀者在可以搜尋各種專業領域的資料庫,以下提供的是Ovid 所收錄的從 J 到 Z 的資料庫名稱。(更新日期:2007/10/22)


J K L M N O P Q R S T U V W X Y Z



M

MANTIS

Marquis Who's Who

Maternity and Infant Care

MathSci on Ovid

MathSci on SilverPlatter

MEDLINE?- Ovid's MEDLINE

MEDLINE?- SilverPlatter's MEDLINE

MEDLINE?- SilverPlatter's MEDLINE on CD

Mental Measurements Yearbook

N

NewsRx

NTIS

O

OSH-ROM

P

Parasitology Database

PASCAL

Pascal Biomed

PEST-BANK

Petroleum Abstracts Tulsa? Database

Pharmaceutical and Healthcare Industry News

Pharmaprojects

Philosopher's Index, The

Plant Genetics and Breeding Database

Plant Protection Database

Primal Pictures

PsycBOOKS

PsycCRITIQUES

PsycINFO

PSYNDEXplus with TestFinder

R

R&D Insight

Reactions Database

RILM Abstracts of Music Literature

RIPM - Retrospective Index to Music Periodicals (1800 - 1950)

RPS e-PIC

S

Scrip Online

SilverLinker Database

SilverPlatter Arts Package

Social Policy and Practice

Social Work Abstracts Plus

Soils Science Database

T

TRANSPORT

TROPAG & RURAL

V

Veterinary Science Database

W

Wilson Applied Science & Technology Abstracts

Wilson Applied Science & Technology Full Text

Wilson Applied Science & Technology Index

Wilson Art Abstracts

Wilson Art Full Text

Wilson Art Index

Wilson Art Index Retrospective

Wilson Biography Index

Wilson Biological & Agricultural Index

Wilson Biological & Agricultural Index Plus

Wilson Book Review Digest

Wilson Business Abstracts

Wilson Business Abstracts Full Text

Wilson Business Periodicals Index

Wilson Current Biography

Wilson Education Abstracts Full Text

Wilson Education Index

Wilson Essay and General Literature Index

Wilson General Science Abstracts

Wilson General Science Abstracts Full Text

Wilson General Science Index

Wilson Humanities Abstracts

Wilson Humanities Abstracts Full Text

Wilson Humanities Index

Wilson Index to Legal Periodicals & Books

Wilson Library Literature & Information Science Index

Wilson Library Literature and Information Science Full Text

Wilson OmniFile: Full Text Select

Wilson Readers' Guide to Periodical Literature

Wilson Short Story Index

Wilson Social Sciences Abstracts

Wilson Social Sciences Abstracts Full Text

Wilson Social Sciences Index

Wilson World Authors

WORLD TEXTILES

Z

Zoological Record

Zoological Record Archive

2007/7/22

氣候遽變、生物恐怖主義...Global Health什麼都收、什麼都有、查到什麼都不奇怪

Global Health資料庫除了可以幫助研究者充實Meldine以外的文獻資訊之外,對於全球性的環境或健康議題、或是911之後讓人聞之色變的生物恐怖主義、又或是運用天然植物作為藥用的相關發展等,都可以是Global Health所收錄的重要議題,我們分別可以從發表台灣在地文獻到國際舞台上,或是透過查詢得知國際標準集相關政策,作為國內措施的參考。我們透過各種角度來實際體驗Global Health的國際性與收錄多樣性。

氣候變遷的相關會議資訊
若我們想要了解有哪些研討會或會議曾經針對氣候變遷這個議題做過相關討論,此事我們可以先在Global Health中查詢"Climate Change"


透過標題的自動比對,找到適合的查詢主題


再運用Limit選項,篩選出相關的會議報告。



不但可以讓我們查到相關報告內容摘要,我們更可以將台灣在地相關的研究資料,透過積極參與這些會議活動,達到在國外曝光的機會。



如何防範生物恐怖攻擊
若是以參考國外資料來作為國內相關政策的角度來說,譬如以戰略角度來看,生物恐怖主義是自911後為大家所特別注意的目標,在Global Health中,我們可以從Bioterrorism和預防犯罪兩個角度做切入,得到很豐富的資訊。譬如在一本書中,就提到了禽流感可能成為生物武器的可能性和防治的方式。


而最常聽到的生物武器:天花,則在2005年可以找到一篇由美國所出版的完整計畫報告。


而早至1968年,我們就可以找到與生物武器和犯罪預防相關的文獻資料。

公共衛生學者的左右手-Medline與Global Health

當我們在做資料收集時,無不希望可以儘可能的收集到完整的資料,能夠對研究主題作一個完整的回顧之後,從中找出別人沒做過的研究方向或是更深入的了解。此時,能夠有完整而豐富的文獻資料庫就會是我們很好的助手。

以往,我們會透過Ovid Medline來查詢所有生命醫學相關的資料,當我們做流行病學或是公共衛生主題時,自然也是想到Medline。然而Medline收錄的文獻都屬於期刊文獻,當資料以書籍或是會議論文形式出版時,我們就無法從Medline中獲得;公共衛生又是一個需要長期觀察的主題,如果需要1950年以前的資料,可能更難查詢。再加上Medline所收錄的期刊大多偏重於北美地區的刊物,當我們需要其他發展中國家或是其他地域的資料時,就顯得吃力了。

此時,Global Health就派上用場了,尤其在Ovid介面中,可以做到兩個資料庫一起查詢,一次的檢索得到從1910年開始遍及125國以上的所有文獻資訊,在文獻的深度、廣度與時間長度上,我們都可以得到很好的支持。

從人心惶惶的SARS風暴和禽流感威脅、以及捲土重來的肺結核,再看到甫爆發的美國豬肉含瘦肉精的問題,這些議題都讓我們將眼光從個人的健康進而關懷到社區乃至整個人類的層面。我們也發現,儘管遠至東歐的天鵝身上有禽流感病毒,都可以影響台灣人民的健康;就算只是搭乘飛機,都有罹患肺結核的風險;更別說鄰近地區如東南亞國家一旦發生SARS或相關傳染疾病,台灣也必須馬上做出對應的防疫措施。因此在公共衛生的領域中,資訊必須能夠來自全球各地;所涉獵的主題必須從個人到環境、從動植物到人體、從人類行為到社會型態,一個專業的公共衛生資料庫是刻不容緩的需求。

Global Health是全球唯一以公共衛生為主題所製作的資料庫,收錄主題廣泛,小至細菌、病毒生物體,大至群體的社區衛生等,都是收錄的範疇。



也因為CAB Internatinal屬於非營利的國際性組織,使它可以和眾多會員國家合作,發展並收集許多的資源。因此,在Global Health收錄的資料中包含有期刊、書本、以及眾多難以取得的灰色文獻,其中有45%的資料來自歐洲地區,北美地區佔26%,另外在亞太地區的文獻收錄也高達20%,套句知名網站的廣告詞,在Global Health中什麼都收、什麼都有、什麼都不奇怪!



以禽流感為例,我們同時在Ovid介面中查詢Medline和Global Health,可以得到4千餘筆的文獻資料,以Medline為主進行去重複(Remove Duplicates),還有60%的獨家文獻資訊收錄在Global Health中。查詢出來的資料,又可以透過Ovid介面去直接連結取得全文或是查詢相關館藏,讓資訊的取得可以更快更方便。


2007/6/17

資訊檢索白話文運動–自然語言檢索(Nature Language)

在五四運動中,透過白話文的推廣,讓知識的流通更快速﹔今天,我們則是透過自然語言的檢索技術,讓資訊檢索的學習門檻更低,資訊獲得的速度更快。

以往,我們往往為了查詢一個主題,可能要透過好幾個輪迴的檢索過程,才能確認挑選出我們所需要的資訊。譬如「為什麼太陽光紫外線的曝曬會使罹患皮膚癌的風險增加?」。首先,必須先挑出可以作為查詢點的關鍵字,譬如「紫外線(UV)」和「皮膚癌(Skin Cancer)」。

但是我們會發現,當我們在作查詢時,我們可能使用的關鍵字是簡稱,譬如紫外線的簡稱是UV;可能是一般的稱呼,譬如Skin Cancer是一般的通稱,真正的醫學標題是Skin Neoplasms。我們必須先去知道正式的名稱或是所有相關的同義辭彙,譬如Cancer這個字還可能以Tumor、Neoplasms、Carcinoma等等的字詞代表。

在Ovid Medline的查詢中,因為有MeSH的主題辭彙分類,我們可以透過Ovid系統中的Mapping Subject Headings的方式來精確我們的查詢結果。

但是如果我們需要去查詢電子書時,沒有了MeSH的輔助,我們靠什麼方式快速有效的查到我們要的資訊呢?

此時,自然語言檢索(Nature Language)也就運應而生了。我們不再需要把一個問題拆成好幾個關鍵詞分開查詢,而是直接輸入一個問題,像是「Why UV from sun light increase the risk of skin cancer?」。



以Books@Ovid為例,Ovid會將讀者輸入的詞彙作所有可能詞性或詞態變化的查詢,再依據每個關鍵字彼此之間的距離計算關聯度,最後提供最接近問題的答案。


我們只要看看系統提示的內文片段是否和我們的需求符合,確定之後,點選Ovid Full Text就可以直接連結到電子書的內文瀏覽。


我們所選擇的內容會明顯的標示出來,包括我們輸入的字詞和該篇文章所在的章節段落,都可以一次呈現。除了線上瀏覽之外,為了方便讀者對於內容的引用所需,文章段落中的參考文獻都可以透過連結的方式直接連結。



再加上參考文獻的對外連結功能,資料庫和電子期刊資料一次到位。

這樣的功能除了提供Books@Ovid的讀者來使用之外,臨床決策支援系統ClinicallResource@Ovid現在也同步提供。


現在看起來,查資料一點都不困難了,不是嗎? 連動輒上千頁的書籍,利用自然語言檢索的方式,彈指之間就可以找到我們需要的資料。由於資訊檢索技術的再突破,我們可以把更多的時間放在實際的研究工作或是醫療照護上面,知識的腳程又往前加快了許多。